Aktif CuCl kompleksinin tuz kaynaklı peptit oluşumu reaksiyonunun stereoseçicilikteki rolü: yoğunluk fonksiyonel teorisi hesaplamalarından elde edilen bilgiler
Biyokimya ve organik kimya
(A) Rudd ve diğerleri tarafından önerilen önerilen aktif kompleks. (1990) protonlanmış ve nötr bir alanin molekülünün SIPF reaksiyonu için [18]. (b) Rimola ve diğerleri tarafından önerildiği gibi cis konfigürasyonunda iki nötr alanin molekülü arasındaki SIPF’nin başka bir aktif bileşiği. (2007) [20]. Burada cis, bakır atomunu içeren düzlemin aynı tarafındaki N atomunun (veya eşdeğer O’nun) göreceli konumunu belirtir. Bu şekilde kırmızı oksijeni, mavi nitrojeni, gri karbonu, açık gri hidrojeni, turuncu bakırı, yeşil ise kloru temsil etmektedir. – hayat
Tuzla indüklenen peptit oluşumu (SIPF) reaksiyonu, Dünya’nın erken dönemlerinde amino asitlerin kendiliğinden peptitlere polimerizasyonu için biyolojik olarak makul bir mekanizmadır.
SIPF reaktivitesine ilişkin deneysel araştırmalar, belirli koşullar altında l enantiyomerin d enantiyomerden daha reaktif olduğunu bulmuştur, bu da onun biyokonjenerin ortaya çıkmasındaki potansiyel rolünü gösterir. Önceki çalışma, aktif CuCl2 kompleksinin tetrahedral benzeri bir yapıya doğru bozulmasının, bakır iyonu üzerindeki merkezi asimetriyi arttırdığını, bunun da l ve d amino asitlerin enantiyomerleri arasındaki doğal değerliği ihlal eden enerji farklarını güçlendirerek stereoseçiciliğe yol açtığını varsaydı. Bu teorinin hesaplamalı değerlendirmeleri aktif bileşik CuCl’nin nötr olarak protonlanmış l + l formlarıyla sınırlıydı.
Burada, alanin, valinin hem pozitif, nötr hem de nötr formları için homojen (l + l ve d + d) ve heterojen (l + d) CuCl amino asit komplekslerinin enerjilerini ve geometrilerini karşılaştırmak için yoğunluk fonksiyonel teorisi yöntemleri kullanıldı. ve prolin. Farklı aktif kompleksler (yani d + d, l + l’ye karşı l + d) arasında önemli bir enerji farklılığı gözlenmedi ve stereoselektif ve stereoselektif olmayan sistemler arasındaki aktif komplekslerin deformasyonları tutarlı değildi; bu, geometrinin Aktif kompleksin SIPF reaksiyonunun gözlemlenen stereoseçiciliğinin ana itici gücü budur.
Alison C. Fox, Jason D. Boettger, E. L. Berger ve Aaron S. Burton
Hayat 2023, 13(9), 1796; doi: 10.3390/life13091796
https://www.mdpi.com/2075-1729/13/9/1796
Astrobiyoloji
